Bioinformaticien(ne) oncologie

Posté le : 16/11/2018

Description de l'offre

Le CHU Grenoble Alpes recrute dans le cadre  du  projet AURAGEN

  • Bioinformaticien(ne) oncologie

Il s'agit d'un poste  à  100%

Missions

CARACTÉRISTIQUES GÉNÉRALES DU SERVICE/LABORATOIRE

La plateforme de séquençage très haut débit à visée sanitaire a pour objectif de produire à terme 18 000

équivalents génomes dans le cadre du projet AURAGEN : Auvergne Rhône Alpes Génomique. Le projet AURAGEN

est un des deux projets retenus dans le cadre du Plan France Médecine Génomique 2025 (PFMG2025). Cette

plateforme aura pour mission de recevoir les prélèvements, extraire les acides nucléiques (ADN et/ou ARN),

préparer les librairies, et réaliser le séquençage d’exomes, de transcriptomes ou de génomes entiers.

La plateforme d’analyse bioinformatique AURAGEN est coordonnée par les équipes du Centre Léon Bérard et

du Centre Hospitalier Universitaire Grenoble-Alpes. Elle a pour objectif de gérer le flux de données, l’archivage,

l’analyse et la mise à disposition d’outil pour permettre l’interprétation médicale des données génomiques.

 

DÉFINITION GÉNÉRALE DU PROFIL

• Ce profil de poste s’adresse à un(e) ingénieur(e) bioinformaticien(ne) ayant une expérience pratique

dans l’analyse de données génomiques par NGS.

• Sa mission principale consistera en la mise en place de procédures robustes et automatisées pour

l’analyse de données de séquençage (WGS, WES et RNAseq) produites par la plateforme AURAGEN.

• En particulier, le(la) candidat(e) réalisera l’évaluation, l’implémentation, le test et le déploiement de

prototypes de pipelines d’analyse génomique dédiés au diagnostic et la prise en charge des cancers.

 

PRINCIPALES ACTIVITÉS DU POSTE

Développement de prototypes de pipelines automatisés pour la détection de variations somatiques à

partir du séquençage de génome entier (ou exome) d’une tumeur et de son échantillon normal

apparié.

Benchmark de logiciels pour :

▪ l’alignement de séquences,

▪ la détection de variants (mutations ponctuelles, insertions/délétions, CNV)

▪ l’annotation automatique de variants

▪ l’enchainement automatique de tâches parallélisées

Élaboration d’un pipeline automatisé prototype, et validation à partir des données tests

 Optimisation de la sensibilité et spécificité du pipeline

Optimisation des performances logicielles pour limiter l’utilisation des ressources de stockage et de calcul

Suivi d’exécution des pipelines lors des premières analyses de la plateforme

 Suivi et correction de problèmes informatiques

 Adaptation aux flux de données de la montée en charge

 Mise en place et automatisation des procédures de contrôle qualité des pipelines utilisés

Politique Qualité

 Participe au processus qualité en lien avec l’ingénieur qualité de la plateforme Auragen

LIENS HIERARCHIQUES

• Les pilotes de la plateforme bioinformatique AURAGEN

LIENS FONCTIONNELS

• Les responsables médicaux et organisationnels de la plateforme

• Les membres de la plateforme bioinformatique

DIPLOME, CONNAISSANCES, COMPETENCES ET QUALITÉS ASSOCIÉES

Diplôme :

Titulaire d’un diplôme d’ingénieur de master 2 ou d’une thèse en informatique/bioinformatique.

Un minimum de 2 ans d’expérience professionnelle est requis.

Compétences requises

o Expérience en génomique et traitement de données de séquençage haut débit

o Maitrise des systèmes d’exploitation de type Linux / Unix

o Bonnes connaissances en algorithmique et programmation (langages usuels)

o Connaissance des outils de bases (samtools, GATK, bwa, ...)

Compétences appréciées mais non requises

 

Profil

DIPLOME, CONNAISSANCES, COMPETENCES ET QUALITÉS ASSOCIÉES

Diplôme :

Titulaire d’un diplôme d’ingénieur de master 2 ou d’une thèse en informatique/bioinformatique.

Un minimum de 2 ans d’expérience professionnelle est requis.

 

Compétences requises

 Expérience en génomique et traitement de données de séquençage haut débit

 Maitrise des systèmes d’exploitation de type Linux / Unix

 Bonnes connaissances en algorithmique et programmation (langages usuels)

 Connaissance des outils de bases (samtools, GATK, bwa, ...)

 

Compétences appréciées mais non requises

 Expérience en séquençage de génome complet (WGS)

Expérience en génomique du cancer

 Expérience dans un environnement HPC

 Connaissance de langages de workflow (CWL, NextFlow, WDL, … )

 Virtualisation/Containerisation (Docker, Singularity)

 

Capacités organisationnelles et interpersonnelles

 Motivation et dynamisme

 Organisation et rigueur

 Autonomie et travail en équipe

 Aptitude à communiquer/vulgariser son travail

Conditions de travail

  • Type de contrat : CDD
  • A pourvoir le : dès que possible
  • Temps de travail : 100%
  • Lieu : hopital couple enfant
  • Date limite des dépôts de candidature : 25/11/2018
  • Contact : faire parvenir voter candidature à Alain.Viari@inria.fr anthony.ferrari@lyon.unicancer.fr avec copie à JThevenon@chu-grenoble.fr sihem.kheddouci@lip-lyon1.fr
Dernière mise à jour le 16/11/2018