bioinformaticien systèmes d'information et virtualisation

Posté le : 16/11/2018

Description de l'offre

Le CHU Grenoble  Alpes recrute dans le  cadre du  projet  AURAGEN

  • Bioinformaticien(ne) systèmes d'information et virtualisation

Il s'agit d'un poste à 100%

Missions

CARACTÉRISTIQUES GÉNÉRALES DU SERVICE/LABORATOIRE

La plateforme de séquençage très haut débit à visée sanitaire a pour objectif de produire à terme 18 000

équivalents génomes dans le cadre du projet AURAGEN : Auvergne Rhône Alpes Génomique. Le projet AURAGEN

est un des deux projets retenus dans le cadre du Plan France Médecine Génomique 2025 (PFMG2025).

Cette plateforme aura pour mission de recevoir les prélèvements, extraire les acides nucléiques (ADN et/ou ARN),

préparer les librairies, et réaliser le séquençage d’exomes, de transcriptomes ou de génomes entiers.

La plateforme d’analyse bioinformatique AURAGEN est coordonnée par les équipes du Centre Léon Bérard et

du Centre Hospitalier Universitaire Grenoble-Alpes. Elle a pour objectif de gérer le flux de données, l’archivage,

l’analyse et la mise à disposition d’outil pour permettre l’interprétation médicale des données génomiques.

 

DÉFINITION GÉNÉRALE DU PROFIL

• Ce profil de poste s’adresse à un(e) ingénieur(e) informaticien(ne) expert(e) en bases de données et

ayant une expérience pratique dans la virtualisation et/ou la containerisation.

• Sa mission principale consistera en la prise en charge des données de séquençage brutes arrivant de la

plateforme AURAGEN jusqu’au transfert des résultats, en passant par le suivi des analyses bioinformatiques.

• Le(La) candidat(e), en étroite collaboration avec l’administrateur système et les bioinformaticien(ne)s,

réalisera l’intégration des prototypes de pipelines dans des environnements virtualisés ou containerisés.

 

PRINCIPALES ACTIVITÉS DU POSTE

Mise en place d’un système d’information permettant le suivi des analyses bioinformatiques réalisées

sur la plateforme AURAGEN

Intégration, urbanisation et gestion des données de séquençage et résultats

 Participation aux développements de procédures pour l’archivage des données

 Élaboration d’un système d’information permettant le suivi des opérations

 Développement d’interfaces de suivi, visualisation et de management associées

 Participation à l’automatisation du processus d’analyse global

 Gestion des relations avec les autres systèmes d’information de la plateforme AURAGEN.

Intégration des pipelines d’analyses par des techniques de virtualisation/containerisation

 Création d’environnement virtualisé ou containerisé pour assurer à la fois la traçabilité et la

reproductibilité des prototypes de pipelines

Politique Qualité

 Participe au processus qualité en lien avec l’ingénieur qualité de la plateforme AURAGEN

 

LIENS HIERARCHIQUES

• Les pilotes de la plateforme bioinformatique AURAGEN

LIENS FONCTIONNELS

• Les responsables médicaux et organisationnels de la plateforme

• Les membres de la plateforme bioinformatique

DIPLOME, CONNAISSANCES, COMPETENCES ET QUALITÉS ASSOCIÉES

Diplôme :

Titulaire d’un diplôme d’ingénieur ou de master 2 en informatique/bioinformatique.

Un minimum de 3 ans d’expérience est requis.

Compétences requises

 Maitrise des systèmes d’exploitation de type Linux / Unix

 Forte expérience en base de données relationnelles

 Connaissance d’environnements de développement (Spring, Hibernate, JSF, Maven)

 Bonne connaissance des concepts de virtualisation (VMware, VirtualBox)

 Bonne connaissance des concepts de containerisation (Docker, Singularity)

Compétences appréciées mais non requises

 Expérience dans le domaine de la biologie et/ou du séquençage de génomes

 Expérience dans un environnement HPC

 Expérience en développement Web

 Expérience en base de données NoSQL (HBase, MongoDB, … )

Capacités organisationnelles et interpersonnelles

 Motivation et dynamisme

 Organisation et rigueur

 Autonomie et travail en équipe

 Aptitude à communiquer/vulgariser son travail

Profil

DIPLOME, CONNAISSANCES, COMPETENCES ET QUALITÉS ASSOCIÉES

Diplôme :

Titulaire d’un diplôme d’ingénieur ou de master 2 en informatique/bioinformatique.

Un minimum de 3 ans d’expérience est requis.

Compétences requises

 Maitrise des systèmes d’exploitation de type Linux / Unix

 Forte expérience en base de données relationnelles

 Connaissance d’environnements de développement (Spring, Hibernate, JSF, Maven)

 Bonne connaissance des concepts de virtualisation (VMware, VirtualBox)

 Bonne connaissance des concepts de containerisation (Docker, Singularity)

Compétences appréciées mais non requises

 Expérience dans le domaine de la biologie et/ou du séquençage de génomes

 Expérience dans un environnement HPC

 Expérience en développement Web

 Expérience en base de données NoSQL (HBase, MongoDB, … )

Capacités organisationnelles et interpersonnelles

 Motivation et dynamisme

 Organisation et rigueur

 Autonomie et travail en équipe

 Aptitude à communiquer/vulgariser son travail

Conditions de travail

  • Type de contrat : CDD
  • A pourvoir le : dès que possible
  • Temps de travail : 100%
  • Lieu : hopital couple enfant
  • Date limite des dépôts de candidature : 25/11/2018
  • Contact : merci d'adresser votre candidature à Alain.Viari@inria.fr anthony.ferrari@lyon.unicancer.fr avec copie à JThevenon@chu-grenoble.fr sihem.kheddouci@lip-lyon1.fr
Dernière mise à jour le 16/11/2018