Administrateur (trice) système AURAGEN

Posté le : 06/03/2019

Description de l'offre

AURAGEN  (AUvergne Rhône-Alpes Génomique), plateforme de séquençage trés haut débit à visée sanitaire basée au CHU Grenoble Alpes recherche :

Un ou une Administrateur (trice) système

Il s'agit d'un poste à temps plein

Missions

AURAGEN AUvergne Rhône-Alpes Génomique

PLATEFORME DE SEQUENÇAGE TRES HAUT DEBIT A VISEE SANITAIRE

Hôpital Couple-Enfant, CHU Grenoble-Alpes, Quai Yermoloff, 38700 La Tronche

CARACTÉRISTIQUES GÉNÉRALES DU SERVICE/LABORATOIRE

La plateforme de séquençage très haut débit à visée sanitaire a pour objectif de produire à terme 18 000

équivalents génomes dans le cadre du projet AURAGEN : Auvergne Rhône-Alpes Génomique. Le projet

AURAGEN est un des deux projets retenus dans le cadre du Plan France Médecine Génomique 2025

(PFMG2025). Cette plateforme aura pour mission de recevoir les prélèvements, extraire les acides nucléiques

(ADN et/ou ARN), préparer les librairies, et réaliser le séquençage d’exomes, de transcriptomes ou de génomes

entiers

La plateforme d’analyse bioinformatique AURAGEN est coordonnée par les équipes du Centre Léon Bérard et

du Centre Hospitalier Universitaire Grenoble-Alpes. Elle a pour objectif de gérer le flux de données, l’archivage,

l’analyse et la mise à disposition d’outil pour permettre l’interprétation médicale des données génomiques.

 

DÉFINITION GÉNÉRALE DU POSTE

La personne en charge de l’administration système aura la responsabilité de suivre la mise en place de

l’infrastructure de calcul, de stockage et d’analyse du projet AURAGEN, en lien avec les partenaires industriels.

P 2/3

Elle/Il sera ensuite responsable de maintenir en conditions opérationnelles l’architecture de calcul haute

performance AURAGEN qui accueillera quotidiennement un grand flux de données et d’analyses génomiques.

PRINCIPALES ACTIVITÉS DU POSTE

• Maintien en conditions opérationnelles du système en lien avec le prestataire industriel

• Mise en oeuvre des indicateurs qualité du système et construction des tableaux de bord de ces

indicateurs

• Veiller à l’intégrité, la sécurité, la confidentialité des échanges et des données

• Améliorer en continu la qualité, l’exploitabilité, la performance et la résilience de l’architecture

• Gérer des problèmes techniques complexes et assurer l’escalade auprès des fournisseurs

• Assurer la rédaction d’un journal d’administration

• Assurer un support aux utilisateurs en termes de matériel et de logiciels

• Participation essentielle aux choix technologiques et au design de l’architecture logicielle

• Responsable de l’administration des environnements de virtualisation et containerisation

• Participation active à l’automatisation et l’optimisation des processus d’exploitation et de livraison des

applicatifs métiers

• Participation à la gestion et l’organisation du travail sur la plateforme bioinformatique

LIENS HIERARCHIQUES

• Les pilotes de la plateforme bioinformatique

LIENS FONCTIONNELS

• Les responsables médicaux et organisationnels de la plateforme

• Les informaticiens impliqués dans les différentes activités

• Le(s) partenaire(s) industriel(s) du projet AURAGEN/FMG2025

Profil

DIPLOME, CONNAISSANCES, COMPETENCES ET QUALITES ASSOCIÉES

Diplôme :

Diplôme d’ingénieur en informatique avec 2 ans minimum d’expérience professionnelle.

Compétences requises

o Administration des systèmes d’exploitation Linux/Unix

o Administration légère d’un système de gestion de bases de données

o Protocoles et services réseaux

o Bonne connaissance des annuaires informatique

o Expérience en calcul HPC et connaissance des technologies associées :

▪ Ordonnancement : SLURM, Torque, …

▪ Systèmes de fichiers parallèles : GPFS, BeeGFS, Lustre, …

o Gestion des systèmes et procédures de sauvegarde et d’archivage

o Virtualisation (VMware, … ) et containerisation (Docker, … )

Compétences appréciées mais non requises

o Connaissances en administration des systèmes d’exploitation Windows

P 3/3

o Connaissance en technologies « Big Data » et bases NoSQL (HBase, Hadoop, MongoDB, … )

o Notions de bioinformatique et/ou de génomique

Capacités organisationnelles et interpersonnelles

o Motivation et dynamisme

o Organisation et rigueur

o Autonomie et travail en équipe

o Aptitude à communiquer/vulgariser son travail

Conditions de travail

  • A pourvoir le : avril 2019
  • Temps de travail : 100%
  • Lieu : AURAGEN
  • Date limite des dépôts de candidature : 11/03/2019
  • Contact : Merci d'adresser votre dossier de candidature (CV et lettre de motivation) à : JThevenon@chu-grenoble.fr avec copie à : Alain.Viari@inria.fr anthony.ferrari@lyon.unicancer.fr sihem.kheddouci@lip-lyon1.fr
Dernière mise à jour le 06/03/2019